Отдел организует и проводит государственную экспертизу оперативного изменения запасов УВС, в основе которой лежит анализ геологической и технологической информации о предоставленных в пользование месторождениях углеводородного сырья, с целью рационального использования недр.

Отдел углеводородного сырья организует и проводит государственную экспертизу запасов углеводородов нефтяных, нефтегазовых, нефтегазоконденсатных, газоконденсатных и газовых месторождений, которая осуществляется путем проведения анализа документов и материалов, обосновывающих и подтверждающих количество и качество запасов, их народно-хозяйственное значение и условия их добычи.

Отдел организует и проводит государственную экспертизу технико-экономического обоснования коэффициентов извлечения запасов нефтяных, нефтегазовых, нефтегазоконденсатных месторождений, утверждает величину извлекаемых запасов углеводородов с оценкой степени подготовленности месторождений для комплексного рационального освоения с учетом требований по охране окружающей среды.

Отдел организует и проводит государственную экспертизу запасов месторождений металлов, которая осуществляется путем проведения анализа документов и материалов ТЭО кондиций и подсчета запасов, обосновывающих и подтверждающих количество и качество запасов, их народно-хозяйственное значение, горнотехнические, гидрогеологические, экологические и другие условия их добычи.

Отдел организует и проводит государственную экспертизу запасов нерудных полезных ископаемых и угля, которая осуществляется путем проведения анализа документов и материалов ТЭО кондиций и подсчета запасов, обосновывающих и подтверждающих количество и качество запасов, их народно-хозяйственное значение, горнотехнические, гидрогеологические, экологические и другие условия их добычи.

Отдел организует и проводит государственную экспертизу запасов подземных вод, в основе которой лежит анализ геологической, гидрогеологической и экономической информации о предоставленных в пользование месторождениях и участках подземных вод, обосновывающих и подтверждающих количество и качество запасов, их народно-хозяйственное и промышленное значение, а также экспертизу геолого-гидрогелогических материалов по участкам недр, предназначенных для строительства и эксплуатации подземных сооружений, не связанных с добычей полезных ископаемых, обосновывающих их безопасное использование.

Отдел по работе с территориальными подразделениями организует и координирует работу филиалов ФБУ «ГКЗ» в регионах Российской Федерации; обеспечивает филиалы нормативно-методической документацией, формирует и регулирует состав филиалов, ведет контроль за их деятельностью, контролирует документооборот, ведет консультативную работу.

Отдел методологии организует и проводит работы по совершенствованию методологии государственной экспертизы информации о разведанных запасах полезных ископаемых, геологической, экономической информации о предоставляемых в пользование участках недр, проектной и технической документации на разработку месторождений полезных ископаемых в части рационального и комплексного использования минерально-сырьевого потенциала недр.
Отделом методологии осуществляется составление информационно-аналитических отчетов по деятельности ФБУ «ГКЗ» и работе комиссии, организация деятельности в области взаимодействия с международным сообществом по вопросам классификаций и учета запасов и ресурсов полезных ископаемых и совершенствование нормативных документов в этой области.

В функции отдела методологии входит наполнение и сопровождение информационно-аналитического Интернет сайта ФБУ «ГКЗ» и осуществление информационно-издательской деятельности.

Отдел правового обеспечения осуществляет методическое руководство правовой работой в ФБУ «ГКЗ», оказывает правовую помощь структурным подразделениям в подготовке и оформлении различного рода правовых документов, контролирует документацию, связанную с проведение государственных закупок, принимает меры по ликвидации дебиторской и кредиторской задолженности организации.

Отдел кадров осуществляет планирование и подбор персонала для ФБУ «ГКЗ», ведет кадровый учет, а также совместно с руководством ФБУ «ГКЗ» повышает эффективность использования и управления человеческими ресурсами. Обеспечивает соблюдение трудового законодательства в учреждении.

Отдел делопроизводства обеспечивает единый порядок организации и ведения делопроизводства в ФБУ «ГКЗ» и его отделах в соответствии с положениями Единой государственной системы делопроизводства и стандартам унифицированной системы организационно-распорядительной документации. В ФБУ «ГКЗ» внедрены новые технологии в работе с документацией, ведется электронный документооборот. Отдел делопроизводства осуществляет методическое руководство за соблюдением регламентированного порядка работы с документами в отделах и контролирует сроки их исполнения, руководствуясь нормативными документами Росархива.

Отдел бухгалтерского учета и отчетности обеспечивает организацию учета финансово-хозяйственной деятельности предприятия, правильное расходование денежных средств и материальных ценностей, рациональную организацию бухгалтерского учета и строгое соблюдение установленных правил ведения учета, отвечающих требованиям, предъявляемым к федеральным государственным учреждениям.

Отделом осуществляется контроль над правильным расходованием фонда оплаты труда, исчислением и выдачей вознаграждений и пособий, соблюдением установленных должностных окладов, административно-хозяйственных и других расходов.

Финансово-экономический отдел организует финансовую деятельность ФБУ «ГКЗ», направленную на обеспечение финансовыми ресурсами подведомственных учреждений и центрального аппарата, формирует проект бюджета, проводит экономический анализ финансово-хозяйственной деятельности ФБУ «ГКЗ», контролирует и управляет расходование денежных средств в соответствии с целевым назначением.

Отдел обеспечивает соответствующий режим работы с конфиденциальными документами, документами, представляющими коммерческую тайну, предназначенными для служебного пользования и секретными.

Административно-хозяйственный отдел обеспечивает необходимые условия для работы подразделений ФБУ «ГКЗ» и содержит в надлежащем состоянии нежилые помещения, находящиеся в оперативном управлении.