Обстановка отчасти начала нормализовываться к 1997-98 гг., что было связано с завершившимся в основном переделом крупных объектов собственности, после которого заметно оживился интерес инвесторов к недрам, к обеспечению своих предприятий разведанными запасами, проведению геологоразведочных работ.
С 2002 г. отмечается расширение круга месторождений твердых полезных ископаемых, рассматриваемых экспертизой. Помимо традиционных валютных (алмазы, золото, платина) и ориентированных на экспорт объектов добывающей промышленности, на экспертизу представляются месторождения различных металлов и нерудного сырья.
С 2004 г. совершенствуется структура государственной экспертизы запасов полезных ископаемых, унифицируются требования и подходы к их оценке, добавляются новые виды экспертизы. Все это положительно сказалось на экспертной деятельности ГКЗ.
Работа по созданию единого механизма государственной экспертизы на всей территории РФ была начата в 2005 г. с учреждения в ряде субъектов РФ 57 территориальных отделов ГКЗ. Последующий анализ их деятельности выявил необходимость дальнейшего совершенствования механизма государственной экспертизы путем создания филиалов ГКЗ. На сегодня создано 9 филиалов ФБУ «ГКЗ», осуществляющих экспертизу запасов ТПИ, подземных вод и участков недр, пригодных для строительства и эксплуатации подземных сооружений, не связанных с разработкой месторождений полезных ископаемых.
В ФБУ «ГКЗ» разработана автоматизированная система учета и планирования проведения экспертиз, внедряются системы автоматизации рабочих процессов и единая база данных, повышающие точность и качество экспертиз, расширяется институт внештатных экспертов, проводится их обучение, организуются семинары по повышению квалификации сотрудников ФБУ «ГКЗ» и недропользователей.
В целях развития экспертизы и ее нормативно-методической базы ФБУ «ГКЗ» осуществляет деятельность в области взаимодействия с международным сообществом: Европейской федерацией геологов, Обществом инженеров нефтегазовой отрасли, Комитетом по международным стандартам отчетности о запасах и др., по вопросам классификаций и учета запасов и ресурсов полезных ископаемых и совершенствование нормативных документов в этой области. Принимает участие в работе Группы экспертов по вопросам классификации запасов и ресурсов полезных ископаемых при Европейской экономической комиссии ООН.
Совершенствование механизма государственной экспертизы является естественным процессом эволюции научно-технического развития страны. Необходимость в проведении государственной экспертизы сегодня бесспорна. Она является одним из важнейших элементов эффективного управления минерально-сырьевым комплексом России, обеспечивает рациональное комплексное использование недр и служит залогом достоверности информации, обеспеченности полезными ископаемыми будущих поколений.